La vegetazione di Ventotene e Santo Stefano è molto varia. Tra le piante, le più interessanti sono la violaciocca selvatica, il limonio, il finocchio marino, la ferula comune e la borragine. Inoltre troviamo coltivazioni da orto, leguminose (fave e lenticchie) e frammenti di vigneti. Solo in alcune zone, i pendii sciscesi a picco sul mare, difficilmente coltivabili, hanno conservato parte della vegetazione originaria (leccio, lentisco, mirto, ginepro feniceo, ranno lanterno, euforbia arboscente, artemisia, rosmarino, caprifoglio mediterraneo, palma nana, smilace); tuttavia anche nelle zone meno coltivate ha attecchito e si è sviluppata la vegetazione intridotta dall'uomo in epoche più o meno recenti (fico d'India, agave, aloe, oleandro, ailanto, ricipo, gelso nero, fico degli Ottentotti, ecc.).

Nelle aree più degradate, a causa di incendi e di attività umane (tra cui il susseguirsi delle colonizzaioni), dominano pinate caratteristiche di questo tipo di ambienti (ginestra, enula, ferula, cardi selvatici, carota selvatica, rovo, ecc.).
Complessivamente tra Ventotene e Santo Stefano, sono state contate 76 famiglie di piante, per un totale di 488 specie.
Però, malgrado tale varietà, quella attuale è solo un ricordo della vegetazione originaria dell'isola. Tra le pontine sono Zannone è rimasta pressapoco intatta da questo punto di vista: cioà con una spendida macchia mediterranea sempreverde che sta lentamente rocostotuendo la foresta originaria di lecci.