Il Museo archeologico

è completamente dedicato alla esposizione e alla documentazione del recupero di un grande dolio da 2000 litri, che probabilmente aveva stabilmente posto su una nave romana affondata nel I secolo a.C. a Punta dell'Arco e che trasportava vino pregiato in Francia e in Spagna.

sono invece dedicati ad una trattazione del rapporto tra Ventotene e l'archeologia subacquea. Le isole Pontine erano toccate, oltre che dalle rotte Nord-Sud, anche da quelle che andavano dal sud italia verso la Sardegna e l'Africa. Tra le ancore di varie epoche esposte, alcune di esse, piccole e di pietra, lasciano pensare a rotte praticate già in epoca protostorica. Molti degli oggetti esposti provengono invece da un relitto di nave affondata tra Ventotene e S.Stefano. Nella prima stanza si conclude l'argomento con l'esposizione e la documentazione di oggetti comuni di carpenteria marinara e la documentazione del recupero di una nave a Cala Rossano.

illustrano la storia e la topografia dell'isola di Ventotene. La seconda stanza è occupata da un grande plastico dell'assetto naturalistico e monumentale dell'isola in epoca romana e da sei pannelli descrittivi. Nella terza e nella quarta stanza si tratta invece in modo particolare della grande Villa Giulia a Punta Eolo e della spiegazione dei reperti in essa ritrovati.